商品房购买合同中的补充协议系合法行为，根据我国现行法律条文所规定，当合同生效以后，若当事人在关于质量标准、价款或报酬支付方式以及履行地点等事项上存在未予明确约定的情况，可通过友好协商进行补充约定；若双方无法就具体事宜达成一致，则需依据合同中已有的相关条款或参照商业惯例来加以确定。

《民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
第五百九十五条
买卖合同是出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。