在面对农村房屋产权纷争问题时，法院应当坚守依法治原则和合理性精神，通过深入研究和仔细斟酌，谨慎地做出公正公平的判断和裁决。在解决这一争议性问题时，首先需要征询相关房屋管理部门的权威建议与意见，以确保处理结果符合法律规定并具有公信力。若经过主管部门的慎重审核，批准了房屋由双方共同拥有的主张，那么法院便可据此做出明确房屋产权归属的判决；反之，假设主管部门未予以认可，则可以在明确认定各自主张对房屋所占份额的基础上，依法判决该房屋产权归属具有宅基地使用权的一方。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十五条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十五条法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。