若有纠纷，既可以通过谈判解决亦可以选择诉诸法律。关于商铺未能按照约定退还款项之事，您可尝试与相关机构进行协商，以达成妥协，从而避免因诉讼而耗费过多的时间和经济资源。若经商议仍无法达成共识，则可以考虑向法院提出诉讼，以此来证明对方违反了相关规定并给您带来了损失，然后请法院作出公正裁决，勒令该机构归还所欠相关费用，同时要求其承担相应的违约金或赔偿损失等责任。在发起诉讼时，务必要留意诉讼时效的限制性规定。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。《民事诉讼法》第一百二十二条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。