处理合作建设房屋所有权争议的途径主要包括了以下几个方面：
首先是通过双方协商达成共识；
其次，当矛盾无法化解时，可寻求村集体组织即村委会以及当地人民政府的援助进行调解。
然而，如果各方当事人均表示不愿接受协商或调解的方式来解决问题，或者经过努力后仍未能取得任何进展的话，他们可以选择向所在地区的仲裁部门提出申诉请求裁决，或者直接提起诉讼至相关法庭进行判决。

《土地管理法》第十四条土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。