商品房预售合同办理备案手续流程如下所述：
首先，申请人应当依法向有关部门提交完备的申请材料；
其次，工作人员会对提交的资料进行全面且细致的审查，若申请材料存在缺失或不符合要求的情况，将会开具相应的《退件通知单》，并将所有资料悉数退还给申请人；如果资料尚有不足之处，则会出具《补件通知单》，详细告知申请人所需补充的资料。接下来，当申请人提交的资料合法且齐备时，受理窗口的工作人员会为其开具《收件收据》，并将所有材料送至审批科进行进一步处理。
然后，审批科的经办人员会对申报材料进行初步审查，填写《商品房预售备案登记表》，并将相关材料呈报科领导进行审核。经过审批科负责人的严格审核之后，如无问题，便可在《商品房预售备案登记表》上加盖备案专用章。
最后，申请人可以凭借之前开具的《收件收据》，前往相关部门领取已经加盖了备案专用章的《商品房预售备案登记表》。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十四条商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。《城市房地产开发经营管理条例》第二十七条房地产开发企业应当自商品房预售合同签订之日起30日内，到商品房所在地的县级以上人民政府房地产开发主管部门和负责土地管理工作的部门备案。《城市房地产开发经营管理条例》第三十二条商品房预售合同订立后，应当按照规定向房地产经营主管部门备案。