关于农村房屋产权纠纷的处理方式如下：
首先，可由双方当事人在平等自愿的基础上进行友好协商以寻求妥善解决纷争；若协商无法达成共识或无实质进展的情况下，可以向县级及以上级别地方人民政府授权的土地管理职能机构提交申诉请求予以介入和协调，使得县级以上地方人民政府土地管理部门能够采取强制措施终止侵权行为并依法赔偿可能造成的经济损失；倘若上述途径仍未能有效解决争议，则可考虑通过民事诉讼程序来维护自身合法权益。

《中华人民共和国民法典》第三百五十九条住宅建设用地使用权期限届满的，自动续期。续期费用的缴纳或者减免，依照法律、行政法规办理。非住宅建设用地使用权期限届满后的续期，依照法律规定办理。该土地上的房屋以及其他不动产的归属，有约定的，按照约定;没有约定或者约定不明确的，依照法律、行政法规办理。