在缔结房屋买卖协议时，采用工程款折抵房款的方式，此类协议完全符合公平自愿、平等互利的基本原则，因此，这一方式所缔结的协议被视为合法有效的，并未违反任何国家法律或地方法规中的禁止性条款。
值得关注的是，协议中所涉及到的"以工程款抵房款"这一主张，事实上正是双方对于各自权益和责任的有效划分，为明确和保障双方之间的权利与义务提供了坚实的基础。如果协议中所涉及的房产已然顺利竣工落成，那么这份协议便具备了房屋买卖合同的全部特征；反之，若房产尚未完工，则其将具备房屋预售合同的所有特性。
然而，无论是何种合同性质，作为承建方的一方已经履行了支付房款的义务，从而获得了以工程款折抵房款的房产的实际所有权。

《中华人民共和国民法典》第五百零二条依法成立的合同，自成立时生效，但是法律另有规定或者当事人另有约定的除外。依照法律、行政法规合同应当办理批准等手续的，依照其规定。未办理批准等手续影响合同生效的，不影响合同中履行报批等义务条款以及相关条款的效力。应当办理申请批准等手续的当事人未履行义务的，对方可以请求其承担违反该义务的责任。依照法律、行政法规合同的变更、转让、解除等情形应当办理批准等手续的，适用前款规定。