关于商铺合同纠纷的问题，可选择以下相关部门进行恰当的处理：首先，若双方当事人愿意共同协作寻求协商，他们有权向所在的村民委员会或者居民委员会请求援助，由这两个机构对争议事项进行调停和斡旋；其次，若协商未能达成共识，当事人则有权利将争议提交至当地人民法院或者仲裁机构，通过诉讼或者仲裁的方式来解决商铺合同纠纷。

《民事诉讼法》第一百一十九条起诉必须符合下列条件：（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；（二）有明确的被告；（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。