商铺租赁合同纠纷所适用的法律时效为三个自然年。其起算点应从当事人或利害关系人知晓或理应知晓自身的权益遭受侵害和相关责任人之日开始计量。然而，对于权利受损日期在此之后超过20年的案子，人民法院将不再进行追溯保护，但若存在特殊情形，人民法院仍可依职权依据利害关系人的申请批准适当延长诉讼期限。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。
但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。