违反住房公积金管理条例的处罚有：单位逾期不缴或者少缴住房公积金的由住房公积金管理中心责令限期缴存，逾期仍不缴存的可以申请人民法院强制执行；住房公积金管理委员会违反本条例规定的由建设行政主管部门会同同级财政部门责令限期改正，住房公积金管理中心违反本条例规定的由建设行政主管部门责令限期改正。

《住房公积金管理条例》第三十七条
违反本条例的规定，单位不办理住房公积金缴存登记或者不为本单位职工办理住房公积金账户设立手续的，由住房公积金管理中心责令限期办理；逾期不办理的，处1万元以上5万元以下的罚款。
第三十九条
住房公积金管理委员会违反本条例规定审批住房公积金使用计划的，由国务院建设行政主管部门会同国务院财政部门或者由省、自治区人民政府建设行政主管部门会同同级财政部门，依据管理职权责令限期改正。