农村房产证办理程序：
1、填写农村村民建房用地申请审批表。
2、收集相关的证件材料后，向当地房屋管理所提交。
3、等待房屋管理所受理，并进行公告、审核。
4、缴纳费用。
5、等待发证。
需要注意的是不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。

《民法典》第二百零九条
不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；
未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。
依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。
第二百一十条
不动产登记，由不动产所在地的登记机构办理。
国家对不动产实行统一登记制度。
统一登记的范围、登记机构和登记办法，由法律、行政法规规定。