商铺租赁协议中的违约赔偿应依据彼此当事人在签订合同时所明确规定的条款来进行确定和计算。
首先，针对违反租赁合约中约定事项的情况，应适用我国《中华人民共和国民法典》中所提出的相关法规：包括继续履行（也被称为强制履行）；
采取补救措施；
赔偿损失；
定金责任以及违约金责任（也被称为违约罚款）等多种方式。
然而，对于特殊情况，我们仍需特别说明，即当房屋租赁协议的双方均存在违约行为时，应当如何妥善处理。
在这种情况下，应对双方的违约行为进行详细区分，然后据此确定各方面应承担的责任，并分别由各自方向对方支付相应款项。
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，如果双方所负责任属于同种类别，且性质上可以相互抵销，那么双方可以在法律允许的范围内将各自承担的责任予以抵销；
而如果双方所负责任并非同一类别，但经过双方协商达成一致意见，并且不违反法律的禁止性规定，则可以进行抵销。

《中华人民共和国民法典》
第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。