在法律层面上，股权转让协议被判定为无效的情况主要有以下几种：
首先，由于合同签约双方的意愿并不真实，其行为或交易过程中存在着欺瞒、恐吓等行为，这是股权转让协议无效的重要表现之一；
其次，由于该合同违反了相关的法律和法规的硬性规定，例如，股东转让的股权本身就属于法律禁止转让的范畴；
再者，如果该股权转让协议的签订是出于恶意串通的目的，从而损害到了国家、集体或者第三方的合法权益，那么这样的协议也是无效的；
最后，如果股权转让协议的签订对社会公共利益造成了严重的伤害，那么这样的协议同样会被判定为无效。

《中华人民共和国民法典》第一百四十四条
无民事行为能力人实施的民事法律行为无效。