股权确认纠纷案件所涉及的主要证据有公司章程、股东名册以及出资证明书等。章程是公司作为社团法人最为主要的象征之一，是判断股东身份和股权的重要标志；股东名册是股东主张行使股东权利重要证明；出资证明书是公司签发给股东的证明凭证。

《中华人民共和国公司法》第三十二条
有限责任公司应当置备股东名册，记载下列事项：
股东的姓名或者名称及住所；
股东的出资额；
出资证明书编号。
记载于股东名册的股东，可以依股东名册主张行使股东权利。
公司应当将股东的姓名或者名称向公司登记机关登记；登记事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。