项目股权投资协议书要写清楚的条款主要是：双方当事人的基本情况；合作的定义；股权合作的比例；合作后立行基准日约定；双方到资的比例期限约定；甲方的权利与义务；乙方的权利与义务；保密(双方)协定；双方违约责任；协议的变更及终止约定等。

《民法典》第四百七十条
合同的内容由当事人约定，一般包括下列条
款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。
当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。