合作公司和合伙企业的区别有：
1、合作公司是原主体各自独立，资源互补，按照合同协议办理，合伙企业是共同组建合伙企业，按照相关的法律办理；
2、合作公司的风险和利益按约定条件确定，共同经营，合伙企业按出资比例承担风险，享受利益。

《合伙企业法》第二条
本法所称合伙企业，是指自然人、法人和其他组织依照本法在中国境内设立的普通合伙企业和有限合伙企业。普通合伙企业由普通合伙人组成，合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任。本法对普通合伙人承担责任的形式有特别规定的，从其规定。有限合伙企业由普通合伙人和有限合伙人组成，普通合伙人对合伙企业债务承担无限连带责任，有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任。