个体工商户申请注销营业执照的流程是：
1、当事人应到申请办理个体户工商营业执照的工商局申请办理销户办理手续。
2、销户备案应递交的文档《个体工商户注销登记申请书》，《个体工商户营业执照》正、团本。
3、如果是代理办理的，授权委托人申请办理销户注册的提交人签订的《委托书》及委托代理人的身份证扫描件或是资质证实影印件。
4、带上营业执照去所属管辖区的国税局服务厅，看应交税金有没有交清，要办理好完税证明。
5、带上税收凭据抵扣联再度返回工商局，递交完税证明后可以领取到个体户销户通知单。
个体工商户注销登记所需资料：
1、相关租赁凭证、租赁合同及承租发票；
2、营业执照正副本原件；
3、近三年财务报表及记账凭证；
4、公章及刻章备案登记卡；
5、缴税单据(银行缴税流水单)；
6、已核销发票及未核销发票；
7、社保相关资料(有缴纳社保金的个体户才需提供)。
长时间不注销营业执照的后果如下：
1、营业执照不注销后果—股东列入黑名单，有关时间会自动注销，而被吊销企业法定代表人，股东会被工商局列入黑名单，可能在3年内无法使用自己的名字再注册公司，个人信用记录不良将保持7年，而且要被罚款。
2、营业执照不注销后果—法人带来限制，吊销营业执照会给企业及其法定代表人和直接责任人带来一定的限制。
3、营业执照不注销后果—投资者连带责任，被吊销营业执照企业的出资人或有限公司的股东如不依法履行组织清算的义务，要承担企业债务的连带责任。

《市场主体登记管理条例》第三十一条，市场主体因解散、被宣告破产或者其他法定事由需要终止的，应当依法向登记机关申请注销登记。经登记机关注销登记，市场主体终止。市场主体注销依法须经批准的，应当经批准后向登记机关申请注销登记。