小规模纳税人缴纳增值税的流程是：登录公司所在地的国家税务总局电子税务局，点我要办税；选择合适的登陆方式，新的公司大部分使用的电子营业执照登陆；选择左边菜单，按期应申报，选择，增值税（使用于小规模纳税人），填写申报表，增值税小规模纳税申报页面，直接点申报，申报完成。

《中华人民共和国税收征收管理法》第二十五条
纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。