有限责任公司可以申请核定征收。
核定征收是按收入计算缴纳所得税，由税务机关根据纳税人情况，在正常生产经营条件下，对其生产的应税产品查实核定产量和销售额，依照税法规定的税率征收税款。
有限责任公司核定时，一般纳税人不能做进项抵扣。

《企业所得税核定征收办法》第三条
纳税人具有下列情形之一的，核定征收企业所得税：
（一）依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；
（二）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账薄的；
（三）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
（四）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；
（五）发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的；
（六）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
特殊行业、特殊类型的纳税人和一定规模以上的纳税人不适用本办法。
上述特定纳税人由国家税务总局另行明确。