可转移公司债与可交换公司债在发行主题上有所差异，前者为上市公司本身，后者则为上市公司的股东;
两者在可兑换股票的来源方面也有所区别，前者是发行人持有的上市公司股份，后者则是发行人计划发行的新增股票;
此外，这两种债券对于标的公司总股本及盈利指标的影响力也不尽相同。
值得注意的是，若作为可交换公司债券的持有者，欲实施转换股权的操作，需通过托管证券公司发送相关指令来实现。

《上市公司股东发行可交换公司债券试行规定》第八条
可交换公司债券持有人申请换股的，应当通过其托管证券公司向证券交易所发出换股指令，指令视同为债券受托管理人与发行人认可的解除担保指令。