事故协商不成时到底会不会扣车，得根据具体的情况来确定。
要是为了收集证据，那交管部门就有权利把事故车辆以及机动车行驶证等给扣留起来。
不过，扣留车辆的时间一般不会超过25天，如果要向上一级交管部门申请批准的话，还能再延长5天。
要是需要对车辆进行检验或者鉴定，在检验、鉴定结论确定的那一天起的5天之内，交管部门得通知当事人去领取被扣留的事故车辆、机动车行驶证还有扣押的物品。
要是事故的双方已经协商好了，也达成了赔偿协议，并且把该履行的都履行完了，交管部门就应该赶紧把车辆返还给当事人。
总而言之，到底扣不扣车，得依据事故的具体状况以及交管部门的相关规定来进行准确的判断。