合同余款退还款项的操作流程需按照所签订合约中的相应条款与规范执行。
首先，明确并核实合同中所详细列明的关于余款退还款项的各项规定，其中包括了余款退还的审核标准、余款退还的截止日期以及余款退还的具体流程等等。
倘若您已经圆满地完成了合同所规定的全部义务，并且也符合了合约中约定的余款退还条件，那么您应该向合同的另一方提交一份正式的书面申请，详细阐述您的余款退还理由，并恳请对方返还您应得的余款。
在此期间，您还需要准备充足的相关证明资料以证明您确实已经履行了合约承诺，例如验收报告、货物交付的凭证等。
若是对方拒绝退还或者故意拖延退还，您可以先行与其进行协商，寻求妥善解决方案；
若协商无果，您依法享有选择按照合同事先约定的争议处理方式（例如提交仲裁委员会仲裁或向法院提起诉讼）来维护自身的合法权益。
然而，在此过程中，务必要妥善保管所有相关的书面证据，以便在必要时刻为您的主张提供有力的支持。