关于预付款协议并非由签署者亲自签字的情况下能否申请退款这一问题，我们需要明确的是预付款与定金之间存在着本质上的区别。
定金一词在法律条款中有严格的定义，它被视为保证合同顺利执行或达成的重要机制。
然而预付款却并不具备这样的担保属性，相反，它只是一种在商业交易中经常使用的支付方式。
换句话说，如果在后续的商业活动中，合同未能顺利订立或无法实际履行完成，那么预付款是完全有权要求退回的。
此外，对于非本人亲自签署的商业契约，其效力通常处于待定状态。
若是代理人在得到当事人的明确授权后进行的签名行为，或者事后得到了当事人的正式追认，这种情况下该合同便可视为有效合同;
反之，若该代理签署时未取得相应权限，或事后未经当事人同意，那么该合同将被判定为无效。
因此，在约定范围内出现上述情形时，预付款的处置自然也应顺理成章地按照相关规则予以处理，比如退还给申请人等。

《民法典》第五百八十六条
当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。定金合同自实际交付定金时成立。
定金的数额由当事人约定；但是，不得超过主合同标的额的百分之二十，超过部分不产生定金的效力。实际交付的定金数额多于或者少于约定数额的，视为变更约定的定金数额。