借款协议可以约定管辖。合同当事人双方可以在合同中约定由合同履行地、合同签订地、原告住所地等地的人民法院管辖，只要该约定不违反级别管辖，就是有效的。但约定不得违反级别管辖和专属管辖的规定，且约定要明确、具体。如果没有约定管辖法院的，一般是由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。

《中华人民共和国民事诉讼法》第二十三条
下列民事诉讼，由原告住所地人民法院管辖；原告住所地与经常居住地不一致的，由原告经常居住地人民法院管辖：
对不在中华人民共和国领域内居住的人提起的有关身份关系的诉讼；
对下落不明或者宣告失踪的人提起的有关身份关系的诉讼；
对被采取强制性教育措施的人提起的诉讼；
对被监禁的人提起的诉讼。