当补偿协议被认定为无效时，需要根据具体情形来采取相应的措施，以保障自身的合法权益。
具体如下：
1.协商重新签订协议：双方可以先尝试进行友好协商，重新拟定一份协议。
在新协议中，要清晰、明确地界定双方各自的权利和义务，确保双方的权益都能得到合理的保障，避免再次出现模糊不清的条款。
2.诉讼解决：若协商无法达成一致意见，那么就可以向法院提起诉讼。
请求法院确认该协议无效，并根据实际情况要求恢复原状或者赔偿损失。
在诉讼期间，必须提供能够证明协议无效的有力证据，例如存在欺诈行为（一方故意隐瞒重要事实等）、胁迫情形（以暴力或其他威胁手段迫使对方签订协议）、重大误解（对协议的关键内容存在错误认识）等。
法院会严格依据相关的法律法规，对案件进行全面审查并作出公正的判决。
同时，要特别留意诉讼时效问题，一般诉讼时效为三年，从知道或者应当知道自身权利被侵害之日起开始计算。

案情回顾:

小朱与小李签订了一份补偿协议，后该协议被认定无效。双方就后续处理产生争议，小朱主张重新协商签订协议，小李则希望通过诉讼解决，双方僵持不下。

案情分析:

1、协商重新签订协议方面，小朱和小李本可以友好协商，重新拟定明确界定双方权利义务的新协议，保障各自权益，防止条款模糊，但双方未能就此达成一致。
2、诉讼解决方面，若协商不成，一方可起诉，请求确认协议无效及恢复原状或赔偿损失，需提供如欺诈、胁迫、重大误解等证明协议无效的证据，同时要注意三年诉讼时效。