农村自建房签订的协议书，在满足特定条件时是有效的，具体如下：
1.具备民事行为能力：签订协议的双方需要有相应的民事行为能力。
若为完全民事行为能力人，可独立签订协议；
若为限制民事行为能力人，则需在其法定代理人同意的情况下签订。
例如，年满18周岁的成年人，能自主进行民事活动；
而未成年人签订协议，需法定代理人认可。
2.真实意思表示：协议内容必须是双方真实意愿的体现，不能存在欺诈、胁迫等情况。
比如，一方不能通过欺骗手段让另一方签订不公平的协议。
3.不违反法律法规：协议内容不得违反法律法规的强制性规定，特别是农村宅基地管理等相关规定。
例如，不能私自改变宅基地用途。
满足这些条件，协议书在双方间具有法律效力，可作为解决纠纷的依据。
反之，若存在不满足的情况，协议可能被认定无效或可撤销，无法保障双方合法权益。

案情回顾:

小朱与小李就农村自建房事宜签订协议书，小朱称签订时小李存在欺诈行为，且怀疑小李未满18岁无完全民事行为能力，还质疑协议中有关宅基地使用部分违反法规，故认为协议无效，双方由此产生纠纷。

案情分析:

1、关于民事行为能力，若小李年满18周岁或虽未成年但法定代理人同意签订，则具备相应民事行为能力；反之则可能影响协议效力。
2、对于真实意思表示，若小朱能证实小李存在欺诈等非真实意愿的情况，协议效力存疑；若无证据则协议可能有效。
3、针对不违反法律法规，若协议中宅基地使用等内容违反相关规定，协议无效；若符合规定则协议有效。