关于两人写的协议签字按手印是否有效，一般来说是有效的，具体分析如下：
一、签字按手印的法律依据
依据《中华人民共和国民法典》，当事人采用合同书形式订立合同，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。
签字按手印意味着当事人对协议内容的确认和承诺，赋予了协议法律效力。
二、需要注意的相关要点
1.协议内容必须合法。
不得违反法律法规的强制性规定，例如不能约定违法犯罪行为等，否则协议无效。
2.体现真实意思。
协议应是双方真实意愿的表达，不存在欺诈、胁迫等影响真实意思表示的情况。
3.满足特定要求。
若协议涉及特定法律要求，像有些合同需经过特定程序或登记，仅签字按手印是不够的，还需完成其他相关条件。
三、结论
签字按手印的协议在符合法律规定时通常有效，但具体效力还需结合实际协议内容及法律规定判断。

案情回顾:

小朱和小李签订了一份合作协议，双方签字并按了手印。但后来小朱觉得协议中的部分条款对自己不利，想否认协议效力，争议点在于这份签字按手印的协议是否有效。

案情分析:

1、从法律依据看，依据《中华人民共和国民法典》，当事人签字按手印时合同成立，意味着他们对协议内容确认和承诺，赋予协议法律效力。
2、关于协议内容合法性，若协议不存在违法犯罪等违反法律法规强制性规定的内容，该协议在此方面有效。
3、对于真实意思表示，若签订时不存在欺诈、胁迫等情况，协议体现双方真实意愿，则有效。
4、若此协议不涉及特定法律要求需完成其他条件，仅签字按手印通常有效。