关于合同修改后的效力问题，有以下要点：
1.原合同失效情况：一般而言，当修改后的合同生效后，原合同自修改合同的协议生效之时起便失效。
这是基于合同变更的一般原则。
2.条款效力变化：若修改合同是双方协商一致达成的结果，并且符合法律规定的形式要求，那么修改后的合同条款具备法律效力，会取代原合同中相应的条款。
不过，原合同中未被修改的部分依然有效，除非双方另外有特别的约定。
例如甲乙签订买卖合同后，协商修改交货时间条款，修改后的该条款有效，而像货物价格等未修改条款仍按原合同执行。
3.特殊情况考虑：不同类型的合同在修改和效力方面或许存在特定的法律规定。
比如建设工程合同、劳动合同等，其修改可能有更为严格的程序和要求。
具体情况需要依据合同的性质以及相关的法律法规来确定，以确保合同修改的合法性和有效性。

案情回顾:

小朱与小李签订了一份货物买卖合同。之后，双方协商修改了付款方式条款，但对于合同修改后的效力产生争议，小朱认为原合同全部失效，小李则认为原合同未修改部分仍有效。

案情分析:

1、根据合同变更一般原则，修改后的合同生效后，原合同自修改合同的协议生效之时起失效，但未修改部分，在无特别约定下依然有效。所以小李观点有法律依据，小朱观点错误。
2、此次修改是双方协商一致结果，且符合法律规定形式要求，修改后的付款方式条款具备法律效力，取代原合同相应条款，而货物数量、质量等未修改条款仍按原合同执行。
3、此为普通货物买卖合同，不涉及建设工程、劳动合同等特殊合同，按一般合同修改效力规则处理即可。