关于农村大院写的协议书是否有效，需从以下几个方面来具体判断：
一、主体适格方面
签订协议的各方应当具备相应的民事行为能力。
具体来说，像精神病人，由于其无法正确辨认自己的行为，不具备独立实施民事法律行为的能力；未成年人中，除了16周岁以上且以自己劳动收入为主要生活来源的这部分群体外，其他未成年人通常也属于限制民事行为能力人或者无民事行为能力人。
这些无民事行为能力或限制民事行为能力人独立签订的协议，往往可能是无效的。
比如，一个10岁小孩独自签订一份涉及较大金额财产交易的协议，就不具备法律效力。
二、意思表示真实方面
协议内容必须真实反映各方的意愿，不能存在欺诈、胁迫或者重大误解等情况。
三、内容合法方面
协议内容不能违反法律法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
比如，约定去从事违法犯罪活动或者损害国家、集体或第三人利益的事项，这样的协议是无效的。
四、形式合法方面
一般而言，书面协议只要各方签字或盖章就成立。
不过，有些特殊协议，像涉及土地承包等，还需要符合特定的形式要求，比如可能需要经过相关部门的审批等。
只要协议书满足上述这些条件，即便它是在农村大院里书写的，也是有效的。

案情回顾:

小朱与小李在农村大院里签订了一份土地承包相关的协议书。小朱称签订时小李存在欺诈行为，且协议未经相关部门审批。小李则坚称协议是双方真实意思表示，自己无欺诈行为，协议应有效，双方为此产生争议。

案情分析:

1、主体适格方面，若小朱、小李均为完全民事行为能力人，则在主体方面不存在导致协议无效的情形。
2、意思表示真实方面，若小朱能提供证据证明小李存在欺诈行为，那么协议效力可能受影响；若无法证明，则协议可能有效。
3、内容合法方面，若协议内容未违反法律法规强制性规定和公序良俗，则该方面无问题。
4、形式合法方面，此协议涉及土地承包，需符合特定形式要求，未经相关部门审批，协议效力存疑。