协议在不签字的情况下是否有效，需根据不同情形具体分析：
一、一般情况
依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当当事人采用合同书形式订立合同时，合同自当事人均签名、盖章或者按指印时成立。
这是因为签字等行为意味着当事人对合同内容的认可和接受，是一种明确的表意方式。
在这种常规情形下，如果协议没有当事人的签字，那么通常该协议是不成立的，自然也就无法生效。
比如在一些正式的商业合作协议中，若双方没有签字确认，协议就缺乏成立的法定要件。
二、特殊情况
1.当一方已经履行主要义务，且对方接受时，该协议成立并生效。
例如在买卖合同场景中，卖方按照约定将货物发送给买方，而买方接收了货物并且支付了相应的货款。
即便此时双方并未在协议上签字，这份协议依然是有效的。
因为双方通过实际的行为表明了对协议内容的认可和遵循。
2.若有其他证据能够证明双方对协议内容达成了一致的意思表示，协议也可能有效。
比如通过电子邮件、聊天记录等方式，双方明确地表示认可协议的各项条款。
综上所述，不能简单地认定协议不签字就无效，而应结合具体的实际情形来进行准确判断。

案情回顾:

小朱与小李商议合作开办一家网店，拟定了合作协议，但小朱因临时有事未在协议上签字。之后小李按协议准备了网店的前期运营物资，小朱也参与了部分筹备工作。后因利益分配问题产生分歧，小朱称未签字协议无效，小李则认为协议有效，双方发生争议。

案情分析:

1、从一般情况看，依据民法典规定，采用合同书形式订立合同，需当事人签字等合同才成立。此案件中合作协议小朱未签字，按常规协议不成立也不生效。
2、但特殊情况下，小李已为合作筹备物资，小朱也参与筹备，表明双方有实际履行行为，可视为一方履行主要义务且对方接受，即便未签字，协议也可能成立并生效。