当抵押物的价值超过所欠债务时，若要进行以物抵债，是需要严格遵循特定法律程序的，这样才能保障各方的合法权益。
具体程序如下：
1.协商一致：
债权人和债务人首先可以自行展开协商。
在协商过程中，双方需要全面、细致地讨论以抵押物抵债的相关事宜，比如明确抵债的具体方式，是直接将抵押物所有权转移还是通过其他形式实现抵债；同时，还要确定抵债的范围，包括抵押物的具体部分、附属设施等是否一并纳入抵债范围等内容，最终就以抵押物抵债达成一致意见。
2.评估作价：
需要专业的评估机构对抵押物进行合理评估。
评估机构会综合考虑抵押物的市场价值、使用状况、折旧程度等多方面因素，从而确定其准确的实际价值。
3.清算多余价值：
当抵押物价值高于债务时，超出部分应当返还给抵押人。
例如，抵押物经评估价值为120万元，而债务仅为100万元，那么多出的20万元就必须依法归还抵押人。
4.办理相关手续：
在完成以物抵债后，必须依照法律规定办理抵押物的所有权转移等一系列相关手续。
只有这样，才能确保物权变动具有合法性和有效性。
整个以物抵债过程都要严格符合法律法规及相关司法解释的规定。
若双方协商不成，还可以通过诉讼等法律途径来妥善解决。

案情回顾:

小朱欠小李100万元，小朱以房产作抵押。后小朱无力偿还，双方协商以房抵债。但房产评估值120万元，对于超出的20万元归属，双方产生争议，小朱认为应归还自己，小李则认为可作其他补偿，且在办理房产过户手续上也存在分歧。

案情分析:

1、协商一致方面，双方虽有以房抵债意向，但在抵债范围等细节尤其是抵押物价值超出债务部分的处置上未达成一致，应继续充分协商明确。
2、评估作价已完成，确定抵押物价值高于债务，按规定超出的20万元应返还抵押人小朱。
3、清算多余价值环节，多出的20万元依法应归还小朱，保障其合法权益。
4、办理相关手续需在解决争议、完成清算后，按规定办理房产所有权转移等手续，确保物权变动合法有效。