医疗机构申请停业可能存在以下原因：改建、扩建、迁建；连续发生原因不明的同类患者死亡事件，同时存在管理不善因素；发生重大医疗事故；管理混乱，有严重事故隐患，可能直接影响医疗安全；连续发生同类医疗事故，不采取有效防范措施；其他。

《医疗机构管理条例实施细则》第八十三条
医疗机构有下列情形之一的，登记机关可以责令其限期改正：
（一）发生重大医疗事故；
（二）连续发生同类医疗事故，不采取有效防范措施；
（三）连续发生原因不明的同类患者死亡事件，同时存在管理不善因素；
（四）管理混乱，有严重事故隐患，可能直接影响医疗安全；
（五）省、自治区、直辖市卫生行政部门规定的其他情形。