医疗保险费用交重复了，处理如下：
1、若参保人员已按规定的缴费基数和比例缴费，可申请退还应享受的优惠和补助。
2、若未按规定的缴费基数和比例缴费，由区县医保经办机构核定退费金额，并提出退费申请。
经人力社保局、财政局审核后，报市社保局复核。
经市人力社保局和市财政局批准后，方可退费。

《社会保险法》第二十三条
职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。