一、所覆盖的对象不同。新型农村合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加。
而城镇职工基本医疗保险是用人单位和个人缴费建立的医疗保险基金，是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。
二、缴费方式不同。新型农村合作医疗是农民自愿参加，城镇职工基本医疗保险费是用人单位和职工共同缴纳的。

《中华人民共和国社会保险法》第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度；
保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
《中华人民共和国社会保险法》第二十六条
职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。