医疗事故鉴定程序有以下步骤：
1、当事人或者卫生行政部门进行委托；
2、医学会受理后要求当事人提交材料；
3、专家鉴定组组长主持鉴定，当事人按期参加，陈述意见和理由，回答问题；
4、专家鉴定组进行讨论，根据半数以上成员的一致意见形成鉴定结论。

《医疗事故技术鉴定暂行办法》第三十三条
鉴定由专家鉴定组组长主持，并按照以下程序进行：
（一）双方当事人在规定的时间内分别陈述意见和理由。陈述顺序先患方，后医疗机构；
（二）专家鉴定组成员根据需要可以提问，当事人应当如实回答。必要时，可以对患者进行现场医学检查；
（三）双方当事人退场；
（四）专家鉴定组对双方当事人提供的书面材料、陈述及答辩等进行讨论；
（五）经合议，根据半数以上专家鉴定组成员的一致意见形成鉴定结论。专家鉴定组成员在鉴定结论上签名。专家鉴定组成员对鉴定结论的不同意见，应当予以注明。