以下为医疗事故调解的运行流程：
首先，要求当事人各方以自愿原则进行调解活动，相关机构按既定规定核算补偿金额，当各当事人均对此达成共识时，便可开始制作调解文书。
随后，双方应严格遵照调解文书中的各项条款予以执行；
若调解未能成功或在已达成和解协议的情况下，任何一方产生了改变主意的想法，由卫生行政部门也未能再进行调解。

《医疗事故处理条例》第四十八条
已确定为医疗事故的，卫生行政部门应医疗事故争议双方当事人请求，可以进行医疗事故赔偿调解。调解时，应当遵循当事人双方自愿原则，并应当依据本条例的规定计算赔偿数额。
经调解，双方当事人就赔偿数额达成协议的，制作调解书，双方当事人应当履行；调解不成或者经调解达成协议后一方反悔的，卫生行政部门不再调解。