当公司遭遇员工被指控犯有诽谤罪的事件时，首先应当开展充分的证据搜集工作，以便准确评估该诽谤行为所带来的负面影响以及相应经济损失具体数值。
倘若固定事实显示其性质尚属轻微，公司可根据长期实施的内部管理规章制度作出相应的惩戒措施，例如发出书面警告、处罚金或者降低其职务级别等；
但是对于严重侵犯企业利益并产生恶劣社会影响的情况，公司还应慎重地考虑是否启动司法程序，向当地公安机关提交相关投诉，走法律路径对犯罪嫌疑人追究相关刑事责任。

《中华人民共和国刑法》第二百四十六条
【侮辱罪、诽谤罪】以暴力或者其他方法公然侮辱他人或者捏造事实诽谤他人，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。
前款罪，告诉的才处理，但是严重危害社会秩序和国家利益的除外。
通过信息网络实施第一款规定的行为，被害人向人民法院告诉，但提供证据确有困难的，人民法院可以要求公安机关提供协助。