首先，你应当主动与邻居进行面对面的沟通协商。
在协商时，要清晰地表达出你要求邻居停止侵占行为并恢复原状的意愿，同时要注意态度友好、理性，避免引发不必要的冲突。
协商过程中，一定要保留好相关的证据，比如聊天记录、通话录音、书面协议等，这些证据将在后续的处理中起到关键作用。
若协商未能达成一致，你可以向村集体经济组织或村民委员会反映情况。
他们在农村事务中具有一定的调解权力和经验，能够站在公正的立场上，了解事情的来龙去脉，并尝试调解双方的矛盾。
倘若调解也没有效果，你就可以向乡镇人民政府申请处理。
乡镇人民政府会依据国家的相关法律法规，对整个事件进行详细的调查，了解宅基地的权属情况以及邻居的侵占行为的具体细节。
在调查的基础上，他们会尽力进行调解，促使双方达成和解。
如果对乡镇人民政府的处理决定不服，你还拥有法律赋予的权利，即可以向人民法院提起诉讼。
在诉讼过程中，你需要精心准备，提供充分而确凿的证据，包括宅基地的相关证件、邻居侵占行为的现场照片、证人证言等，以证明宅基地的权属属于你，邻居的行为确实构成了侵占。
只有这样，法院才能在审理过程中做到公正裁决，维护你的合法权益。

案情回顾:

小朱发现邻居小李侵占自家宅基地，小朱首先友好理性地与小李面对面沟通协商，要求其停止侵占并恢复原状，过程中保留了相关证据，但协商未达成一致。小朱向村集体经济组织反映，调解无果后又向乡镇人民政府申请处理，仍未解决，小朱对处理决定不服，欲向法院起诉。

案情分析:

1、小朱与小李的争议焦点在于宅基地的侵占问题，小朱积极协商保留证据的做法符合解决纠纷的常规流程。
2、村集体经济组织和乡镇人民政府调解失败，说明矛盾较深。小朱若起诉，提供的证据如宅基地证件、现场照片和证人证言等将影响法院的公正裁决。