原配在起诉小三时，一般是不能直接去查询小三的流水的。
这是因为每个人的银行流水都属于个人的隐私内容，它受到法律的严格保护。
除非存在法定的事由，并且经过了合法的程序，否则任何人都没有权利随意去查询他人的银行流水。
不过，在一些特定的情形之下，如果涉及到了财产方面的纠纷，并且有确凿的证据能够表明小三与这些纠纷相关的财产有着密切的关联，那么原配就可以在诉讼的过程当中向法院提出申请，要求获取调查令。
法院会根据具体的案件情况来进行综合的考量，然后决定是否允许原配去查询小三的银行流水以及其他相关的信息。
然而，这里的申请必须要符合法律所规定的各种条件和程序，并不是随随便便就可以进行的。
所以说，不能随意地去查询小三的流水，必须要依据法律的规定以及具体案件的实际情况，来确定是否有权利去进行查询，以及通过什么样的途径才是可行的。