一般情况下三代直系亲属有案底的，具体影响是会对子女应聘政治审查要求高的职业，如参军、政法等产生影响。
所以女朋友爸爸有案底会影响女朋友的直系三代，但不会影响男方，因为两人没有婚姻关系不算入双方的直系亲属范围内。
根据法律规定，征兵政治审查的内容包括了家庭主要成员和主要社会关系成员的政治情况等。当然征兵政治审查应当以应征公民本人现实表现为主要内容。

《征兵政治审查工作规定》第五条
征兵政治审查的内容包括：应征公民的年龄、户籍、职业、政治面貌、宗教信仰、文化程度、现实表现以及家庭主要成员和主要社会关系成员的政治情况等。征兵政治审查应当以应征公民本人现实表现为主要内容。