通常来讲，当医疗纠纷律师接手案件后遭遇败诉的情况时，依然有收取费用的可能性。
这主要是依据委托代理合同来确定的。
一般来说，收费方式和标准在委托代理合同中已有明确约定。
要是合同规定根据诉讼结果来收费，像是只有胜诉才收费或者按照胜诉的比例来收费，那么在败诉的情况下，律师可能就不需要收取费用，或者只需支付一部分费用。
然而，如果合同约定的是一次性的固定收费，又或者是按照工作时间等其他方式来收费，即便案件败诉了，律师也有权利按照约定要求收取费用。
在实际的操作过程中，双方是可以根据具体的情况进行协商处理的。
如果对收费方面产生了争议，那么可以通过法律途径来解决这个问题。
总之，关键就在于要依据具体的委托代理合同来准确地确定在败诉时是否需要收费以及收费的标准到底是怎样的。
这能保障双方的合法权益，避免在收费问题上出现不必要的纠纷和误解。