关于二次起诉抚养费后原协议是否有效，需要根据不同情况具体分析，以下为你详细阐述：
一、部分有效情况
原协议中有关抚养费的约定，在法院作出新的生效判决之前，是具有一定效力的。
这是因为协议是双方基于自愿原则达成的一种约定，在没有被依法变更或者撤销之前，对双方都具有拘束力。
不过，如果出现了新的情况，像子女的实际生活需求增加，例如孩子进入了学习费用较高的私立学校，或者当地物价普遍上涨，导致按照原协议约定的抚养费数额已经不足以维持孩子正常的生活，那么原抚养费的约定就需要进行相应的调整。
二、以新判决为准情况
当法院针对二次起诉抚养费的案件作出新的生效判决后，关于抚养费的支付数额、支付方式等具体内容，都应当以新的判决为准。
原协议中与新判决不一致的关于抚养费的条款，就不再具有法律效力。
例如，新判决将抚养费支付数额从每月1000元提高到1500元，支付方式从现金支付变更为银行转账支付，那么双方就需要按照新判决执行。
总之，在二次起诉抚养费的过程中，原协议并非必然无效，其效力状态要根据具体情况以及司法判决来确定。

案情回顾:

小朱与小李离婚后，约定每月抚养费1000元现金支付。后小朱以孩子学习费用增加等为由二次起诉要求调整抚养费。在法院未出新判决前，小李仍按原协议支付。新判决将抚养费提高到1500元且改为银行转账支付，双方对原协议此时效力产生争议。

案情分析:

1、在法院作出新的生效判决之前，原协议中抚养费约定有一定效力。因为协议是双方自愿达成，未被依法变更或撤销前对双方有拘束力，所以此时小李按原标准支付合理。
2、法院作出新的生效判决后，应以新判决为准。原协议中与新判决不一致的抚养费条款不再有效，小朱和小李需按照新判决确定的数额和支付方式执行。