农村自建房在离婚时的分割主要遵循以下原则：
在婚后建造且夫妻双方共同出资的情况下，这种自建房通常会被视为夫妻共同财产。
此时，双方可以先尝试进行协商来决定如何分割，要是协商无果，就可以向法院提起诉讼。
要是自建房是婚前一方建造的，然而婚后双方又一起居住使用，并且建造房屋的出资来源于婚前一方的个人财产，那么一般来说，该房屋原则上是归建房的那一方所有。
但为了公平起见，建房方需要给另一方给予相应的经济补偿。
这个补偿的金额可以参照房屋的市场价值以及建造所花费的费用等因素来确定。
另外，如果宅基地的使用权是在婚后才取得的，通常也可以将其作为夫妻共同财产来进行分割。
总之，对于农村自建房在离婚时的具体分割方式，需要综合考虑各种实际情况，全面权衡，以确保双方的合法权益都能得到保障。