根据相关法律法规，对于农村宅基地上房屋所有权争议案件的诉讼时效，有着明确而具体的期限规定——为期三年。这一段时间的计算，是从当事人实际了解或被合理推断已经得知自身权益遭受损害，并且已经明确责任主体的那一日起算。在此期间，若当事人采取法律途径进行维权，提交了相关法律诉讼请求，那么，人民法院有权责令行为人严格依法依规履行相关义务。
然而，如果在规定的时间期限期满之后，当事人才向上级上诉机构提出申诉主张，那么，人民法院将不再对其所享有的权利提供法律保护。

《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。