商品房预售协议的签署流程如下：
首先，根据预售许可证的查阅结果，与房地产开发公司签署预售协议；
其次，在预售协议达成后，自行或授权委托房地产开发公司将其送往市级或县级房地产交易中心进行登记备案；若发现协议条款或手续存在瑕疵，交易中心将会在五个工作日内以书面形式告知购房者；对于符合规定要求且手续完备的，交易中心会严格按照规定进行登记备案，同时书面通知购房者前来领取已备案的预售协议；
最后，当房地产开发公司将新建商品房完成初始登记并获得房产证之后，他们将与购房者共同向交易中心提交过户申请，办理房地产所有权变更登记手续。在预售阶段，若房地产开发公司需要对预售协议中的特定事项进行变更（例如建筑设计变更、建筑面积变更等），则应签订相应的补充协议。补充协议作为预售协议的重要组成部分，在办理交易过户手续时，必须一并提交给交易中心。

《商品房销售管理办法》第三条商品房销售包括商品房现售和商品房预售。本办法所称商品房现售，是指房地产开发企业将竣工验收合格的商品房出售给买受人，并由买受人支付房价款的行为。本办法所称商品房预售，是指房地产开发企业将正在建设中的商品房预先出售给买受人，并由买受人支付定金或者房价款的行为。