二者之间的区别主要有以下方面：
1、房屋价格方面无完整产权或只有回迁合同的回迁房一般是根据国家政策进行建造及出售，因此拆迁户享受到了一定的政策优惠，房屋价格便宜。而普通商品房受到市场影响较大，房屋价格和市场供需关系有很大关系，价格相比较高。
2、买卖关系，商品房是以购房者和开发商签订的《商品房买卖合同》为购买基础一般房屋价格在合同中进行约定。而回迁房的购买基础则是拆迁单位和被拆迁人签订的拆迁补偿协议，在协议中进行约定。
《国有土地上房屋征收与补偿条例》第二十二条，搬迁时选择房屋产权调换的房屋征收部门应当向被征收人支付临时安置费或者提供周转用房。