法院在认定房屋所有权时，通常会依据以下几个重要方面：
一、产权登记
不动产登记簿在房屋所有权认定中具有关键作用，是明确物权归属和具体内容的重要依据。
在一般情形下，若房屋产权登记在某人名下，法院会初步将其认定为房屋的所有权人。
这是因为产权登记是经过法定程序进行的，具有较高的公信力。
比如，在房产交易中，只有经过登记，房屋的所有权转移才在法律上得以确认。
二、购房合同及付款凭证
当涉及房屋买卖时，合法有效的购房合同以及与之对应的付款凭证，对于认定房屋所有权有着重要的辅助作用。
购房合同明确了买卖双方的权利和义务，而付款凭证则证明了购买方已经履行了付款义务，从而表明其取得房屋具有合法性和正当性。
例如，购房者通过银行转账支付购房款，并保留了相关凭证，这在所有权认定时就提供了有力证据。
三、继承或受赠相关证明
若通过继承或受赠的方式取得房屋，那么就需要提供诸如遗嘱、继承协议、赠与合同等相关证明材料。
这些材料能够清晰地表明房屋所有权的合法转移过程。
例如，遗嘱明确了房屋由某一继承人继承，那么该继承人就可凭借遗嘱主张房屋所有权。
四、合法建造证明
对于自建房屋而言，必须要有合法的土地使用手续、建设工程规划许可等相关批准文件，以此证明建造行为的合法性。
只有这样，自建房屋的所有权才能得到法律的认可。
五、实际占有和使用情况
长期实际占有、使用房屋，且没有相反证据证明存在权属争议时，这也会作为认定所有权的参考因素。
不过，实际占有并非决定性因素，还需结合其他证据进行综合判断。

案情回顾:

小朱和小李就一处房屋所有权产生争议。房屋产权登记在小朱名下，但小李称自己有购房合同及付款凭证，主张自己才是真正所有者，且称小朱是非法登记，争议焦点在于谁才是该房屋合法所有权人。

案情分析:

1、产权登记方面，房屋登记在小朱名下，按规定法院会初步认定小朱为所有权人，因其登记经法定程序，有公信力。
2、购房合同及付款凭证上，若小李的合同及凭证真实有效，能证明其购买的合法性和正当性，对认定其所有权有辅助作用。
3、还需考虑是否存在继承、受赠、合法建造等情况及实际占有使用情况，综合判断房屋所有权归属。