撤销房屋备案合同的方式有：
当事人协商一致的可以撤销；
出现法定可撤销情形的，可以请求人民法院或仲裁机构予以撤销，例如：
基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销；
法定其他情形等。

《民法典》第一百四十七条
基于重大误解实施的民事法律行为，行为人有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第一百四十八条
一方以欺诈手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受欺诈方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第一百五十条
一方或者第三人以胁迫手段，使对方在违背真实意思的情况下实施的民事法律行为，受胁迫方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。
第一百五十一条
一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。