股权确认之诉通常情况下不适用诉讼时效，以下为您详细分析：
一、从性质角度看
股权确认之诉本质上是对股东资格的确认，属于形成权范畴。
形成权是一种特殊的权利，权利人可以凭借自己的行为，使自己与他人之间的法律关系发生变动。
例如，在公司运营中，某股东可能因各种原因需要确认其股东资格，这种确认行为就属于行使形成权。
而形成权的特点决定了它一般不适用诉讼时效。
因为形成权的行使更多地取决于权利人的意志，若受诉讼时效限制，可能会不合理地限制权利人的权利行使，使其无法及时、有效地维护自身权益。
二、从目的角度考量
股权确认之诉的主要目的是明确股东的真实身份和股权状态。
在商业活动中，股东身份和股权状态的明确对于维护交易安全和正常的经济秩序至关重要。
如果适用诉讼时效，可能会出现真实权利人因时效经过而丧失权利的情况。
比如，一些股东可能因特殊原因未能及时主张自己的股权，若此时因诉讼时效而被剥夺权利，将对其造成极大的不公平，也不利于市场交易的稳定和安全。
三、从法律依据方面分析
虽然我国现行法律没有明确规定股权确认之诉不适用诉讼时效，但从法理和司法实践来看，一般认为其不适用诉讼时效的规定。
这是基于对股权确认之诉的性质和目的的综合考虑，以保障股东的合法权益和市场秩序的稳定。
不过，在具体案件中，还需结合案件实际情况和相关证据进行判断。

案情回顾:

小朱与小李共同出资设立公司，后小朱认为自身股东资格未被明确确认，遂提起股权确认之诉。但小李辩称小朱起诉已过诉讼时效，不应再主张确认股权，双方就股权确认之诉是否适用诉讼时效产生争议。

案情分析:

1、从性质角度看，股权确认之诉属形成权范畴，小朱确认股东资格的行为是行使形成权，形成权一般不适用诉讼时效，若受限会不合理限制其权利行使。
2、从目的角度考量，明确股东身份和股权状态对交易安全和经济秩序重要，若适用时效，小朱可能因特殊原因未及时主张而丧失权利，这对其不公平，也不利市场稳定。
3、从法律依据看，虽法律未明确规定不适用，但法理和实践一般认为不适用，具体需结合本案实际和证据判断。