当法人希望注销公司，而股东却不愿意时，可按如下方式妥善处理。
其一，按照《公司法》的相关规定，公司的注销必须经过股东会的决议批准。
倘若股东对注销事宜持反对态度，法人有权利召集股东会，并依照法定的程序来进行表决。
假如能够获得代表三分之二以上表决权的股东同意通过注销决议，即便存在个别股东不赞同，公司依然可以依据法律规定开展注销程序。
其二，法人可以与那些不同意注销的股东展开深入的沟通交流，仔细去了解他们反对的具体原因究竟是什么。
然后尝试通过协商的方式来寻求解决问题的途径。
倘若双方无法在协商上达成一致意见，法人也可以借助法律的手段来处理此事，即向法院提起诉讼，请求法院对公司的注销事宜作出判决。
不过，在诉讼的整个过程当中，法人必须要充分地准备好相关的证据，这些证据要能够有力地证明注销公司的必要性以及合法性。
只有这样，在法律的框架下，才能够更好地推动公司注销事宜的解决，避免因为股东之间的分歧而导致公司注销陷入僵局。

案情回顾:

小朱作为公司法人希望注销公司，股东小李却不愿意。小朱召集股东会表决，未获三分之二以上表决权股东同意，小朱与小李沟通无果，双方就公司注销事宜产生争议。

案情分析:

1、根据《公司法》，公司注销需股东会决议批准。小朱召集股东会表决是合法途径，若能争取到代表三分之二以上表决权股东同意，可依法注销公司，即便小李反对也不影响。
2、在协商无果的情况下，小朱可向法院提起诉讼。诉讼时要准备好证明注销公司必要性和合法性的证据，借助法律手段推动公司注销事宜解决。